Проблемы «Мира РНК» Несмотря на огромную популярность гипотезы «Мира РНК», накапливается все больше данных, указы-вающих на существование препятствий, которые делают эту гипотезу чрезвычайно маловероятной. Хотя гипотеза мира РНК восторжествовала, некоторые ученые были с ней не согласны.
Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК"
Согласно гипотезе мира РНК, эта макромолекула изначально могла быть единственной ответственной за клеточную или доклеточную жизнь. Последние новости по теме рнк. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Одной из главных теорий является гипотеза "РНК-мира", согласно которой первые формы жизни возникли благодаря РНК-репликазе, способной копировать себя и другие молекулы РНК. «Я убежден, что гипотеза РНК-мира неверна», -говорит профессор отделения растениеводства (University of Illinois crop sciences) и Института геномной биологии. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира. Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии.
Ученые нашли новое потенциальное объяснение возникновению жизни на Земле
К сожалению, эта стройная гипотеза имеет свои недостатки. Ее противники указывали на то, что формирование рибонуклеотидов, при полимеризации которых образуется РНК, «традиционным» образом — из остатка фосфорной кислоты, сахара рибозы и азотистого основания — едва ли могло произойти в естественных условиях. Английские исследователи доказали, что синтез рибонуклеотидов можно провести и другим путем, без участия рибозы и оснований. Для осуществления реакции, предложенной учеными, требуются цианамид на схеме обозначен цифрой 4 , цианоацетилен 3 , гликолевый альдегид 7 , глицеральдегид 6 и неорганический фосфат 2 — молекулы, нахождение которых на первобытной Земле оценивается как весьма вероятное. В начале процесса гликолевый альдегид реагирует с цианамидом, образуя промежуточное соединение — 2-аминооксазол 5.
Проверка а ранее не стяжавшая популярности гипотеза толком и не проверялась, не считая экспериментов самого автора внезапно показала, что этих ваших способных образовывать коацерватные капли полиароматических углеводородов в этом вашем космосе чуть больше, чем…много. Пятая часть углерода в составе туманностей входит в данные соединения. На молодой Земле они не могли представлять редкости. И в водном растворе вышеуказанные капли действительно обладают свойством накапливать нужные для синтеза РНК реагенты.
Предполагается, таким образом, что возникнув внутри капелек, автокаталитические молекулы прошли длительный путь развития, совершенствуясь, образуя «колонии», пополняя и облагораживая микроскопическую среду обитания продуктами реакций, катализ которых они учились осуществлять. И клетка появилась как результат постепенного замещения абиогенных цитоплазмы и мембраны биогенными уже аналогами. Гипотеза выглядит убедительной, перспективной, но и крайне сложной для экспериментальной проверки. Просто собрать РНК в пробирке, и проделать всё то же самое, но уже внутри плавающих в пробирке коацерватных капелек — две очень большие разницы. О жизни из нафталина?
В присутствии матрицы и праймера ферменты Джойса могли реплицировать РНК длиной более 100 нуклеотидов. В работе 2020 года исследователи получили РНК-полимеразы класса I, способные синтезировать своего «предка» — РНК-лигазу класса I — в виде трех отдельных цепей, которые затем собирались в функциональный рибозим. На этом примере можно понять, как работает эволюция РНК in vitro. Один из этапов эволюции РНК-полимеразы класса I —рибозима, производящего рибозимы. Credit: PNAS, 2020.
DOI: 10. На праймер отжигается матрица коричневый для синтеза участка РНК, превращающего шпильку с биотином в рибозим — молекулу РНК типа «головка молота» hammerhead , которая разрезает сама себя. Полимераза синтезирует hammerhead голубой на матрице, и вся конструкция захватывается на магнитные шарики со стрептавидином. Если hammerhead успешно синтезирован а в нем есть участок, крайне чувствительный к ошибкам , он вносит разрез в оранжевый участок, полимераза высвобождается, подвергается обратной транскрипции и ПЦР-амплификации; затем с помощью транскрипции синтезируются дочерние молекулы полимеразы, и цикл повторяется.
Однако стоит отметить, что молекула не является самовоспроизводящейся, как настоящая. Поэтому ее нельзя считать живой. Тем не менее, созданная учеными молекула способна копировать другие молекулы РНК. Это показывает, как жизнь может возникнуть в лаборатории или, теоретически, в любой точке Вселенной", — заявил Джеральд Джойс, президент Института Солка, в статье, опубликованной в Washington Post. Многообещающая, даже фундаментальная работа Нам еще очень далеко до того, чтобы увидеть живое существо, даже одноклеточное, рожденное из пробирки.
Из Википедии — свободной энциклопедии
- РНК-мир: открыто происхождение жизни на Земле
- THE CONCEPT OF THE «RNA WORLD»: THEORY AND PRACTICE
- Многообещающая, даже фундаментальная работа
- Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
- РНК - мир. Сомнение в первичности.
- Копирование других молекул РНК
ПОДПИСАТЬСЯ НА РАССЫЛКУ
- Биохимики спорят о том, не настаёт ли конец эпохи РНК / Хабр
- ELife: ученые обнаружили спонтанное возникновение самовоспроизводящихся молекул
- Ученые обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира
- Появилась новая гипотеза возникновения ДНК и РНК
Как в мир РНК пришли белки
Идея обратной транскрипции вначале была очень непопулярна, так как противоречила центральной догме молекулярной биологии, которая предполагала, что ДНК транскрибируется в РНК и далее транслируется в белки. Однако в 1970 году Темин... Третичная структура или трёхмерная структура — пространственное строение включая конформацию всей молекулы белка или другой макромолекулы, состоящей из единственной цепи. Химическая эволюция или пребиотическая эволюция — этап, предшествовавший появлению жизни, в ходе которого органические, пребиотические вещества возникли из неорганических молекул под влиянием внешних энергетических и селекционных факторов и в силу развертывания процессов самоорганизации, свойственных всем относительно сложным системам, которыми, бесспорно, являются все углеродосодержащие молекулы. Первичная структура англ. Для стандартного биополимера, в молекуле которого нет разветвлений и перекрестных связей например, ДНК, РНК или белков понятие первичной структуры является синонимом последовательности остатков мономеров нуклеотидов или аминокислот. Считается, что термин «первичная структура» был впервые употреблён Линнерстрёмом-Лангом... Для сокращенного обозначения пользуются большими латинскими буквами. Аденин и гуанин являются производными пурина, а цитозин, урацил и тимин — производными пиримидина.
Рибонуклеазы классифицируют на эндорибонуклеазы и экзорибонуклеазы. К рибонуклеазам относят некоторые подклассы КФ 2. Остаток в биохимии и молекулярной биологии — структурная единица биополимера, состоящего из аминокислот и сахаров; часть мономера, которая остаётся неизменной после включения его в биополимер. Например, остатками принято называть аминокислотные звенья, входящие в состав пептида. Остатки уже не являются аминокислотами, так как в результате реакции конденсации, они утратили по одному атому водорода из аминогруппы и гидроксил, входящий в состав карбоксильной группы. Кроме того, остатками также считаются... История молекулярной биологии начинается в 1930-х годах с объединения ранее отдельных биологических дисциплин: биохимии, генетики, микробиологии и вирусологии. Кроме того, в надежде, что новая дисциплина откроет возможности понимания фундаментальных основ жизни, в неё пришли многие химики и физики.
Свободные нуклеотиды, в частности АТФ, цАМФ, АДФ, играют важную роль в энергетических и информационных внутриклеточных процессах, а также являются составляющими частями нуклеиновых кислот и многих коферментов. Этот процесс называется сплайсингом от англ. Для каждой протеиногенной аминокислоты существует своя аминоацил-тРНК-синтетаза. Сайт рестрикции участок узнавания — короткая последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК, которая распознаётся ферментом эндонуклеазой рестрикции-модификации рестриктазой. Рестриктаза связывается с молекулой ДНК в точке расположения сайта рестрикции и перерезает цепочку нуклеотидов внутри сайта или в непосредственной близости от него.
Статья опубликована в журнале Science, о деталях исследования также сообщается на сайте издания. Главный вопрос, на который предстояло ответить — как пурины, аденозин и гуанозин, которые превращают РНК в сложный комплекс, могли возникнуть из так называемых дожизненных молекул. Цепочку химических реакций, приведших к такому результату, и описали немецкие ученые. Они, вероятно, были занесены на раннюю Землю кометами.
Все это не более обосновано, нежели черви Паньгу: чтобы всерьез принять такую «теорию», придется забыть о бесчисленных находках палеонтологии, геологии и астрономии. А по сути, отказаться от всего грандиозного здания современной науки — но тогда, наверное, стоит отказаться и от всего того, что полагается его жителям, включая компьютеры и безболезненное лечение зубов. Научно: Протоклетки Однако простой репликации для «нормальной жизни» недостаточно: любая жизнь — это, прежде всего, пространственно изолированный участок среды, разделяющий процессы обмена, облегчающий течение одних реакций и позволяющий исключать другие. Иначе говоря, жизнь — это клетка, ограниченная полупроницаемой мембраной, состоящей из липидов. И «протоклетки» должны были появляться уже на самых ранних этапах существования жизни на Земле — первую гипотезу об их происхождении высказал хорошо знакомый нам Александр Опарин. В его представлении «протомембранами» могли служить капельки гидрофобных липидов, напоминающие желтые капли масла, плавающего в воде. В целом идеи ученого принимаются и современной наукой, занимался этой темой и Джек Шостак, получивший за свои работы Медаль Опарина. Вместе с Катаржиной Адамалой Katarzyna Adamala он сумел создать своего рода модель «протоклетки», аналог мембраны которой состоял не из современных липидов, а из еще более простых органических молекул, жирных кислот, которые вполне могли накапливаться в местах возникновения первых протоорганизмов. Шостаку и Адамале удалось даже «оживить» свои структуры, добавив в среду ионы магния стимулирующие работу РНК-полимераз и лимонную кислоту стабилизирующую структуру жировых мембран. В итоге у них получилась совершенно простая, но в чем-то живая система; во всяком случае это была нормальная протоклетка, которая содержала защищенную мембраной среду для размножения РНК. С этого момента можно закрыть последнюю главу предыстории жизни — и начать первые главы ее истории. Поэтическая картина вечного странствия каждой живой души по бесконечному множеству миров и их обитателей, ее перерождения то в ничтожное насекомое, то в возвышенного поэта, а то и в существо, неизвестное нам, демона или бога. Несмотря на отсутствие идей реинкарнации, Ницше эта идея действительно близка: вечность вечна, а значит, любое событие в ней может — и должно повториться вновь. И каждое существо без конца вращается на этой карусели всеобщего возвращения, так что только голова кружится, а сама проблема первичного происхождения исчезает где-то в калейдоскопе бесчисленных повторений. Научно: Эндосимбиоз Взгляните на себя в зеркало, всмотритесь в глаза: существо, с которым вы переглядываетесь, это сложнейший гибрид, возникший в незапамятные времена. Еще в конце XIX века немецко-английский естествоиспытатель Андреас Шимпер Andreas Schimper заметил, что хлоропласты — органеллы растительной клетки, ответственные за фотосинтез, — реплицируются отдельно от самой клетки. Вскоре появилась гипотеза о том, что хлоропласты — это симбионты, клетки фотосинтезирующих бактерий, когда-то проглоченные хозяином — и оставшиеся жить здесь навсегда. Разумеется, хлоропластов у нас нет, иначе бы мы могли питаться солнечным светом, как предлагают некоторые псевдорелигиозные секты. Однако в 1920-е гипотеза эндосимбиоза была расширена, включив митохондрии — органеллы, которые потребляют кислород и поставляют энергию всем нашим клеткам. К сегодняшнему дню эта гипотеза приобрела статус полновесной, многократно доказанной теории — достаточно сказать, что у митохондрий и пластид обнаружился собственный геном, более или менее независимые от клетки механизмы деления и собственные системы синтеза белка. В природе обнаружены и другие эндосимбионты, не имеющие за плечами миллиардов лет совместной эволюции и находящиеся на менее глубоком уровне интеграции в клетке. Например, у некоторых амеб нет собственных митохондрий, зато есть включенные внутрь и выполняющие их роль бактерии. Есть гипотезы и об эндосимбиотическом происхождении других органелл — включая жгутики и реснички, и даже клеточное ядро: согласно мнению некоторых исследователей, все мы, эукариоты, стали результатом небывалого слияния между бактериями и археями. Эти версии пока не находят строгого подтверждения, однако ясно одно: едва возникнув, жизнь стала поглощать соседей — и взаимодействовать с ними, рождая новую жизнь. Ненаучно: Креационизм Само понятие креационизма возникло в XIX веке, когда этим словом стали называться сторонники различных версий появления мира и жизни, предложенных авторами Торы, Библии и других священных книг монотеистических религий.
Исследователи столкнулись с проблемой - как такая молекула могла появиться из предшественников, не обладающих каталитической активностью. Источник фото: Фото редакции Однако было установлено, что рибозим, способный расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно благодаря нескольким консервативным элементам. Чтобы понять, как эта функция сохранилась в процессе эволюции, исследователи разработали модель, имитирующую случайные разрывы в простых молекулах РНК. В результате образовывались короткие цепочки, которые действовали как затравки для синтеза более длинных молекул.
Ученые обнаружили новые доказательства теории РНК-мира
В самом деле, РНК совмещает в себе как функцию хранения наследственной информации, так и способность к биохимическому катализу. Сейчас гипотеза РНК-мира из чисто умозрительной теории превратилась в теоретическую модель, имеющую хорошую доказательную и экспериментальную базу. Безусловно, эта теория вызывает много вопросов, но, тем не менее, она по полному праву может быть названа одной из наиболее обоснованных гипотез возникновения жизни на Земле. Спонсор конкурса — дальновидная компания Thermo Fisher Scientific. Спонсор приза зрительских симпатий — фирма Helicon. То, что РНК способна как хранить наследственную информацию, так и выполнять работу например, при биосинтезе белка , было известно и ранее. Но окончательно гипотеза мира РНК смогла сформироваться лишь после открытия в 1981 году рибосомальной РНК из ресничного простейшего Tetrahymena , которая способна к автосплайсингу. Осуществляется это следующим образом: к интронной последовательности РНК прикрепляется нуклеотид G, далее цепь разрезается в месте присоединения нуклеотида. После этого происходит окончательное вырезание интрона и сшивание экзонов. Более того, эта интронная последовательность обладает рибонуклеазной активностью, то есть она способна связываться с субстратной РНК и специфично разрезать её. Такие свойства рибонуклеиновому интрону придаёт его способность к образованию сложных трёхмерных структур.
Однако платой за высокую лабильность РНК служит её склонность к быстрой деградации. Здесь мы и сталкиваемся с первой трудностью концепции РНК-мира. Как молекула может служить надёжным хранилищем генетической информации, если время её жизни мало? У млекопитающих время жизни мРНК в клетках составляет от нескольких минут до нескольких часов, максимум дней. У бактерий и вовсе, мРНК «живёт» от нескольких секунд до часа с небольшим. Согласитесь, недолго для надёжного хранилища информации! Тем более, в пребиотических условиях, агрессивная среда которых мало способствовала стабильности молекул. Это противоречие способны разрешить некоторые предположения. Считается, что первые РНК могли размножаться в микрополостях во льду. Возможно, это связано с тем, что при подобных температурах увеличивается концентрация РНК и понижается активность воды.
Однако вероятная сложность здесь заключается в том, что РНК при низких температурах обретают повышенную склонность к образованию водородных связей между комплементарным нуклеотидами, что ведёт к образованию межмолекулярных комплексов и снижению каталитической активности [2]. Фосфодиэфирные связи между нуклеотидами наиболее стабильны при рН, лежащих в пределах 4—5. Выше упоминалось, что молекулы РНК наиболее стабильны в кислой среде. В этих условиях цитозин и аденозин протонируются, тем самым обретая дополнительный положительный заряд, что снижает потребность в катионах. РНК является весьма сложной молекулой, и вероятность её внезапного возникновения из отдельных атомов или фрагментов крайне низка. Действительно, сложно себе представить, как могли соединиться вместе азотистое основание, рибоза и фосфат, образовав нуклеотид. Однако Санчез, Оргел, Паунер и Сазердэнд показали возможность синтеза пиримидинов из молекул, вероятно, имевшихся в пребиотических условиях Земли [3]. Также важно понять, каким образом осуществлялась полимеризация первых нуклеотидов в полимерные цепочки. Относительна недавно была обнаружена важная роль различных минералов и ионов металлов в катализе при образовании биополимеров [4]. Более того, монтмориллонит способен образовывать везикулы из простых жирных кислот [4].
Таким образом, этот минерал, с одной стороны, способствует полимеризации нуклеотидов, а с другой — образованию мембранных структур. Гипотетически, существует множество вариантов соединения рибонуклеотидов друг с другом через различные атомы рибозы. Зачастую каталитической активностью обладают лишь длинные цепочки РНК. Это один из основных объектов критики теории РНК-мира, ибо случайное возникновение длинных последовательностей, способных выполнять биохимическую работу, весьма маловероятно. Одна из лучших рибозимных репликаз, созданных на сегодня, способна реплицировать до 95 нуклеотидов [6] , однако сама она при этом имеет длину в 190 нуклеотидов см. Длина этой последовательности слишком велика для спонтанного возникновения в пребиотических условиях. Исследования in vitro показывают, что для выделения молекул, способных к катализу, требуется около 1013—1014 молекул РНК [2] — довольно много для того, чтобы столь длинный рибозим мог появиться в готовом виде. Однако открытие коротких рибозимов ставит под сомнение идею того, что для появления РНК-катлизаторов требуются астрономические количества молекул. В самом деле, получены полирибонуклеотиды c активными дуплексами, способными к самовырезанию, имеющие длину лишь 7 остатков [2]. Более того, были получены данные, что даже рибозим, урезанный всего лишь до пяти нуклеотидов, сохранял свои ферментативные способности [2].
Но каталитическая активность у минирибозимов значительно ниже, чем у их более длинных «собратьев».
Ученые обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира 06:36 01. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории представили новые данных, подтверждающие гипотезу РНК-мира. Согласно этой гипотезе, первые репликаторы на Земле были представлены РНК-молекулами, способными к самовоспроизведению без участия белковых ферментов В сообщении, опубликованном в журнале eLife, ученые описывают механизм, согласно которому рибозимы могут возникать спонтанно и служить затравками для синтеза более длинных цепей РНК.
Следовательно, теоретически возможно, что на этой модели одной РНК достаточно для установления примитивного метаболизма. В рибозимы будучи в состоянии обеспечить как роль поддержки генетической информации и катализатора, что позволило преодолеть парадокс, предлагая , что РНК -единственный предшественника, который был предложен в 1986 году Уолтером Гилбертом , со-изобретателя секвенирования ДНК.
РНК присутствуют в трех ветвях живого мира археи , прокариоты , эукариоты. Кроме них, можно найти большое количество РНКА , участвующие в таких функциях, как катализ, регуляция экспрессии генов, контроля, анти - вирусные защиты , гена вымирания , торможения белковых синтезов, геномные восстановления и т. Так обстоит дело с интерферирующими РНК , механизм которых некоторые исследователи квалифицируют как «универсальный». Интерпретация «самовоспроизводящегося» персонажа В результате этих исследований возник образ популяции взаимозависимых цепей РНК, воспроизводящихся в рамках своего рода химической экосистемы, и где каждая цепочка избирательно конкурирует в отношении своих собственных аллелей. Строго говоря, неправильно говорить о «саморепликации», поскольку цепь РНК, обладающая способностью катализировать репликацию РНК-зависимая РНК-полимераза , не делает это на самой цепи катализатора, а в лучшем случае. Нить полимеразы, агент репликации, отличается от цепи, которая является объектом той же самой репликации: даже когда эти две цепи похожи, они не перепутаны.
Кроме того, эта «репликация» заключается во всех моделях получения комплементарной цепи данной цепи, а не непосредственно идентичной цепи. Только на второй стадии, когда комплементарная цепь реплицируется, фактически синтезируется цепь, идентичная полимеразе. Ни одна из предложенных моделей не предполагает, что полимераза в качестве агента предпочтительно реплицирует в качестве мишени цепи, которые идентичны самой себе. Присутствие полимеразы приводит к репликации всех цепей, присутствующих в растворе. В этих условиях, то селективное преимущество из аллели не состоит, в качестве агента в дублируя другие пряди более или менее быстро так как все выиграют от него , а скорее в качестве мишени в настоящее время дублированы более быстро. При сохранении его дублирования мощностей.
Кроме того, группа тимина обозначенная в генетическом коде как T состоит из группы урацила U. Роль тРНК заключается в транспортировке аминокислоты к рибосоме, где будет происходить связывание с другой аминокислотой, с образованием полипептида таким образом давая белок. Существует несколько тРНК, каждая с тремя нуклеотидами: антикодон. Антикодон комплементарен кодону , переносимому мРНК, которая определяет порядок сборки аминокислот рибосомой. Особенность тРНК в том, что, несмотря на свой небольшой размер, она частично состоит из множества нуклеотидов , которые не встречаются в других местах. Таким образом, эти «экзотические» нуклеотиды имели пребиотическое происхождение, остатки мира РНК.
Таким образом, эти компоненты присутствуют во всех трех сферах жизни.
Затем была открыта новая грань РНК: она может работать вместо белков. Пусть медленней, пусть не так точно, но, тем не менее, она на это способна. А дальше - больше. Словом, РНК оказалась этаким универсалом, мастером на все руки.
Она способна делать все, правда, не так хорошо. Тогда-то и возникла гипотеза о РНК-мире. Суть в том, что сначала на Земле существовали только универсальные РНК, и только потом стали появляться "специалисты", которые выполняли те же самые функции, но лучше.
Как в мир РНК пришли белки
Ученые Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира. Новости по тэгу. Открытия, показывающие способность молекул РНК самовоспроизводиться, а также выполнять ферментативные функции, привели к возникновению гипотезы мира РНК. Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. Ранее считалось, что на Земле способная к размножению жизнь возникла на основе РНК-молекул (так называемая, гипотеза РНК-мира). Чтобы гипотеза о мире РНК была достоверной, мы должны представить себе, что достаточно длинный предшественник РНК, способный к репликации, мог спонтанно появиться в пребиотическом супе.
Ученые нашли новые доказательства РНК-мира
С самого начала гипотеза «мира РНК» привлекала ученых изящным решением проблемы «курицы и яйца» (или «феникса и огня»), вынесенной в эпиграф этой статьи. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории раскрывают новые доказательства гипотезы РНК-мира, согласно которой первые репликаторы на Земле были РНК-молекулами. Альтернативная гипотеза называется гипотезой первичного майонеза и говорит о том, что липиды, то есть вещества, образующие мембраны, были с самого начала и окружали молекулы РНК. и, возможно, единственной - формой жизни до появления первой ДНК- клетки. Хотя гипотеза мира РНК восторжествовала, некоторые ученые были с ней не согласны. гипотеза, с которой срослась проблема внезапного (для учёных особенно) возникновения жизни на совсем молодой, не оформившейся, подвергающейся.
ELife: ученые обнаружили спонтанное возникновение самовоспроизводящихся молекул
Гипотеза РНК-мира — одна из самых популярных среди гипотез о происхождении жизни на Земле. Согласно гипотезе мира РНК, эта макромолекула изначально могла быть единственной ответственной за клеточную или доклеточную жизнь. Согласно этой гипотезе, первые репликаторы на Земле были представлены РНК-молекулами, способными к самовоспроизведению без участия белковых ферментов.
Получено экспериментальное подтверждение гипотезы РНК-мира
Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. Стоит отметить, что ученые, не участвовавшие в исследовании, ставят под сомнение достоверность условий, созданных для исследования. Фрэнсис Уэстолл, директор группы экзобиологии в Центре молекулярной биофизики французского Национального центра научных исследований в Орлеане, отмечает, что формирование оснований требует очень специфических условий. Смеси должны были бы высыхать и подвергаться воздействию ультрафиолетового света — это могло случиться на суше, которая на Земле более четырех миллиардов лет назад была в дефиците.
Те же белки сейчас занимаются копированием нуклеиновых кислот и синтезом других белков. Есть гипотезы, по которым белки могли возникнуть сами по себе , причём без каких-то экстремальных условий. Но как бы они ни появились, они должны были начать взаимодействовать с нуклеиновыми кислотами.
Причём взаимодействовать очень тесно: всё-таки сейчас у нас информация о белках закодирована в именно ДНК и РНК, последовательности аминокислот соответствует последовательность генетических букв. Сотрудники Мюнхенского университета имени Людвига и Максимилиана описывают в Nature , как это могло произойти. Дело в том, что азотистые основания — аденин А , тимин Т , гуанин Г , цитозин Ц и урацил У вместо тимина в РНК — нередко получают химические модификации, и в таком модифицированном виде сидят в цепях нуклеиновых кислот. Если говорить о РНК, то модифицированные «буквы» есть, например, в рибосомах. Так называют большие молекулярные машины, которые заняты синтезом белка во всех живых клетках. Каждая рибосома — это сложный комплекс, в котором на каркасе специальных рибосомных РНК сидит множество рибосомных же белков.
Информацию для синтеза белка рибосома считывает с другой РНК, матричной мРНК — она едет по мРНК и считывает последовательность букв, которая кодирует тот или иной белок. В общих чертах получается следующая картина: транспортная РНК с той или иной аминокислотой соприкасается с участком матричной РНК, и если к рибосоме пришла нужная тРНК с нужной аминокислотой, она эту аминокислоту присоединяет к растущей белковой цепи.
Эти рибозимы способствовали расщеплению и спариванию РНК-цепочек, что в конечном итоге приводило к образованию молекул РНК, действующих как рибозимы типа "hammerhead", которые могли самовоспроизводиться. Репликация полимеров происходила благодаря циклическому изменению температуры, напоминающему естественные условия циклов день-ночь на ранней Земле. Это позволяет предположить, что древние РНК-полимеры могли использовать такие температурные циклы для своего размножения. Неорганические поверхности, например, камни, также могли играть важную роль в этом процессе, способствуя стабилизации и размножению РНК-молекул.
Аптамер, по сути, является рецептором, который с очень высокой селективностью связывается с определённой молекулой. Эффекторной молекулой для аптамера является молекула, производимая белком, ген которого и регулируется переключателем.
Однако существуют и РНК-переключатели, действующие по более сложному механизму. Например, рибопереключатель, контролирующий транскрипцию гена metE бактерии Bacillus clausii, является двойным, то есть имеет два рецепторных участка, связывающих две разных молекулы [9]. Разберём данный механизм подробнее. Ген metE кодирует фермент, превращающий гомоцистеин в аминокислоту метионин. Затем метионин используется уже другим ферментом для синтеза S-аденозилметионина или проще — SAM. Помимо гена metE, существует и другой ген — metН. Белок гена metН катализирует ту же реакцию, но с большей эффективностью, чем metE. Однако metН для своей работы требует кофермент — метилкобаламин или MeCbl , синтезируемый из аденозилкобаламина или AdoCbl.
То есть, для выключения metE достаточно связывания с рецепторами рибопереключателя либо одной из эффекторных молекул, либо сразу обеих. Сам механизм прерывания трансляции основан на образовании шпильки путём удаления шести нуклеотидов из рибопереключателя рис. Логику действий такого элемента NOR можно описать так: «Я подавляю транскрипцию, если в среде присутствует либо вещество А, либо вещество В, либо оба вещества сразу». Остаётся только удивляться, сколь красивы и элегантны решения Природы! Рисунок 1. Работа рибопереключателей. А — Рибопереключатели на транскриптах генов metE, metH и metK. Голубым обозначены шпилечные структуры, образуемые в результате вырезания шести или более уридиновых нуклеотидов.
Видно, что у metE имеется два акцепторных и два шпилечных участка. В — Путь биосинтеза S-аденозилметионина. На первом этапе гомоцистеин преобразуется в амикислоту метионин. Это превращение может быть катализировано одним из двух ферментов: metE или metH. На втором этапе фермент metK превращает метионин в S-аденозилметионин. Между тем, РНК-переключатели способны связывать значительное число белковых кофакторов, таких как флавинмононуклеотид, тиаминпирофосфат, тетрагидрофолат, S-аденозилметионин, аденозилкобаламин [8]. Изначально считалось, что РНК-переключатели способны лишь подавлять экспрессию генов [8] , но позже были получены данные, свидетельствующие о том, что некоторые переключатели, напротив, ее усиливают. Сами по себе РНК-переключатели представляют весьма интересное явление, так как они демонстрируют возможность регуляции работы генов без прямого участия белков — иными словами, демонстрирует самодостаточность и универсальность РНК.
Судя по всему, РНК-переключатели являются очень древним механизмом: так, они обнаружены во всех доменах живой природы: у бактерий, архей и эукариот [8]. Похоже, что, по меньшей мере, некоторые из современных кофакторов белков были прямиком заимствованы из мира РНК. Можно нарисовать примерно такую картину: рибозимы изначально использовали многие из современных кофаторов для своих целей, однако с появлением более эффективных белковых ферментов эти кофакторы были заимствованы последними. Рисунок 2. Вторичная структура РНК-переключателя гена metE. Выделены акцепторы — сайты связывания с молекулами SAM и AdoCbl, а также шпилечные терминирующие структуры. Геномные тэги и тРНК Рисунок 3. Вторичная структура тРНК.
На рисунке отчётливо видна характерная для тРНК вторичная структура в виде «клеверного листа». В нижней части молекулы находится антикодоновая петля, ответственная за комплементарное связывание с кодоном мРНК. Согласно гипотезе геномного тэга, верхняя и нижняя половины тРНК эволюционировали по отдельности, причём верхняя половина древнее нижней. Всем хорошо известна важная роль тРНК в биосинтезе белка. Однако у тРНК и подобных ей молекул есть другая, менее известная, но не менее важная функция: в различных репликативных процессах они исполняют роль праймеров и шаблонов. Это могут быть процессы репликации одноцепочечной вирусной РНК, репликация митохондриальной ДНК у грибов, репликации теломер [10]. Обратимся к вирусной РНК. Тэг играет роль шаблона при инициации репликации вирусной РНК.
Решена главная проблема появления жизни на Земле
Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. Строение РНК Типы РНК Гипотеза РНК мира. Согласно гипотезе мира РНК, эта макромолекула изначально могла быть единственной ответственной за клеточную или доклеточную жизнь. Биохимик Р. Шапиро критикует гипотезу РНК-мира, считая, что вероятность спонтанного возникновения РНК, обладающей каталитическими свойствами, очень низка. Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории.