Результаты исследования, которое фактически доказывает гипотезу существования РНК-мира, опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Чтобы гипотеза о мире РНК была достоверной, мы должны представить себе, что достаточно длинный предшественник РНК, способный к репликации, мог спонтанно появиться в пребиотическом супе. Обнаружены доказательства гипотезы РНК-мира, технологии, новости экономики, Банки, банк, кредит, проценты, ставки, финансы, курсы валют, деловые новости. Основной гипотезой о появлении ДНК и первых клеток в настоящее время является гипотеза РНК-мира, согласно которой сначала происходило образование молекул РНК.
ELife: выявлено самовоспроизведение молекул, подтверждающее гипотезу РНК-мира
Во всяком случае, это аспект, еще не подтвержденный экспериментальными наблюдениями. Противоположные аргументы Аргументы, противоречащие гипотезе, основаны на маловероятности спонтанного образования молекул РНК, а также на том, что цитозиновое основание недостаточно проверено в методах пребиотического тестирования, так как легко подвергается гидролизу. Пребиотические условия, необходимые для самопроизвольного образования трех элементов, составляющих нуклеотид, отличаются друг от друга. Азотистые основания образуются в средах, отличных от тех, которые необходимы для образования сахаров, присутствующих в скелете нуклеиновой кислоты. По этой причине было бы необходимо предположить спонтанный синтез двух классов молекул в разных средах с последующим их объединением. Однако надо сказать, что в водной среде такое соединение маловероятно, так как азотистые основания и сахара в любом случае не способны реагировать. Третий элемент, фосфат , сам по себе крайне редко встречается в природных растворах, так как быстро выпадает в осадок. И даже если он присутствует, он должен сочетаться с нуклеозидом на правильном гидроксиле. Таким образом, чтобы встроиться в молекулу РНК, нуклеотид должен быть активирован за счет связывания двух других фосфатных групп с образованием, например, аденозинтрифосфата. Помимо всего этого, рибоза должна иметь правильную стереоизомерию , так как нуклеотиды, имеющие неправильную хиральность , выступают в роли терминаторов транскрипции. Фактически, он утверждал, что этот эксперимент не показал, что нуклеиновые кислоты были основой происхождения жизни, а просто показал, что эта гипотеза не была неправдоподобной.
Кэрнс-Смит утверждал, что для того, чтобы достичь количества молекул, необходимого для возникновения жизни, процесс построения нуклеиновых кислот должен соблюдать 18 автономных условий между ними в течение нескольких миллионов лет. Мир РНК в деталях Механизмы синтеза пребиотической РНК Гипотеза предполагает наличие в первичном бульоне нуклеотидов, способных легко образовывать химические связи между собой и с такой же вероятностью разрывать эти связи благодаря малой энергии, необходимой для таких событий. В этой среде некоторые последовательности оснований, обладающие каталитическими свойствами, могли бы усиливать образование последовательностей с идентичными характеристиками именно благодаря каталитической активности, способной снижать энергию, необходимую для образования таких последовательностей. Главным последствием образования этих последовательностей было бы то, что производство нитей РНК стало бы явно более выгодным, чем их разрыв. Эти последовательности считаются самыми ранними, примитивными формами жизни. Только наиболее эффективные с точки зрения катализа и самовоспроизведения выжили бы, чтобы развиться и сформировать современную РНК.
Путём последовательного удвоения доз яда была выведена порода РНК, стойкая к очень высоким его концентрациям. Всего в эксперименте сменилось 100 пробирочных поколений и намного больше поколений РНК, так как поколения сменялись и внутри каждой пробирки. Хотя в этом эксперименте РНК-репликаза добавлялась в раствор самими экспериментаторами, Оргел обнаружил, что РНК способны и к спонтанному самокопированию, без добавления фермента, правда, намного медленнее. Дополнительный эксперимент был позже проведён в лаборатории немецкой школы Манфреда Ейгена. Она была создана постепенно нарастающей эволюцией. После открытия каталитической активности РНК рибозимов их эволюция в автоматизированном устройстве под управлением компьютера наблюдалась в экспериментах Брайана Пегеля и Джеральда Джойса из Исследовательского института имени Скриппса в Калифорнии в 2008 году. Фактором, играющим роль давления отбора, являлась ограниченность субстрата, куда входили олигонуклеотиды, которые рибозим распознавал и присоединял к себе, и нуклеотиды для синтеза РНК и ДНК. При построении копий иногда случались дефекты — мутации — влияющие на их каталитическую активность для ускорения процесса несколько раз смесь подвергалась мутированию с помощью полимеразной цепной реакции с использованием "неточных" полимераз. По этому признаку и происходил отбор молекул: наиболее быстро копирующиеся молекулы быстро начинали доминировать в среде. За 3 суток каталитическая активность молекул за счёт всего 11 мутаций увеличилась в 90 раз. Эти эксперименты доказывают, что первым молекулам РНК не нужно было обладать достаточно хорошими каталитическими свойствами. Они развились потом в ходе эволюции под действием естественного отбора. В 2009 году канадские биохимики из Монреальского университета К. Боков и С. Штейнберг, изучив основную составляющую рибосомы бактерии Escherichia coli, молекулу 23S-рРНК, показали, каким образом из относительно небольших и простых рибозимов мог развиться механизм белкового синтеза.
Впоследствии эту идеи развили другие ученые. Так возникла гипотеза «РНК-мира». Ученым из США удалось получить ее первое подтверждение.
Два этих класса ферментов обладают определёнными последовательностями, кодирующими взаимоисключающие аминокислоты — то есть, эти ферменты должны были появиться из дополняющих цепочек одного древнего гена. Картер, Уиллс и их коллеги обнаружили, что в таком случае РНК кодировала пептиды при помощи набора всего из двух правил или, иначе говоря, использовала два типа аминокислот. Получившиеся пептиды поддерживали те же самые правила, что управляют процессом передачи, благодаря чему возникает ключевая для этой теории петля обратной связи. РНК-пептидный мир Жизнь могла появиться из взаимодействия РНК и пептидов, работавших в качестве первого генетического кода. Самоподдерживающаяся петля реакций создавала бы ферменты, выбирая всего из двух типов аминокислот вместо 20 типов, имеющихся в современных белках. В недавних работах Картер и Уиллс показывают, что их мир пептидов-РНК решает проблемы с пробелами в истории происхождения жизни, которые неспособна объяснить только одна РНК. Конечно, модель Картера-Уиллса начинается с генетического кода, существование которого предполагает сложные химические реакции, куда входят такие молекулы, как транспортная РНК и нагрузочные ферменты. Исследователи утверждают, что в предшествовавших предложенному ими сценарию событиях участвовало взаимодействие РНК и пептидов. Однако это предположение оставляет много открытых вопросов о том, как началась такая химия и как она выглядела. Для ответов на эти вопросы существует множество теорий, выходящих далеко за рамки мира РНК. Некоторые учёные даже применяют подход, противоположный подходу Картера и Уиллса: они считают что самые ранние этапы развития жизни не обязательно должны напоминать ту химию, которая существует сегодня. Дорон Ланцет , исследователь генома из Вайзмановского научного института в Израиле, предлагает альтернативную теорию, базирующуюся на сборке липидов, катализирующих вход и выход различных молекул. Информация передаётся не генетическими последовательностями, а композициями липидов. Как и модель Картера-Уиллса, идея Ланцета включает не один тип молекул, а огромное их количество. Пока ещё учёные не решили, что именно произошло у истоков жизни, но, судя по всему, они начинают отходить от истории, в которой была исключительно одна лишь РНК.
Происхождение жизни, часть 2: РНК-мир
| Железное доказательство существования мира РНК: Новости химии @ | Гипотеза РНК-мира заключается в том, что первые репликаторы на Земле представляли собой РНК-молекулы, которые могли инициировать собственное воспроизведение без помощи белковых ферментов. |
| Ученые обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира | 01.04.2024 | Крым.Ньюз | Мир РНК утверждает, что когда РНК сформировалась на Земле, она начала размножаться, а затем породила такие молекулы, как ДНК. |
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
ДНК сегодня является поддержка наших генов и содержит инструкции по производству белков. ДНК, образующая жесткую двойную спираль, не может свернуться, чтобы действовать как катализатор. Белки, участвующие в метаболизме ферменты , обладают свойствами катализаторов , но не могут хранить информацию, необходимую для их собственного синтеза, то есть их самовоспроизведения. Сложность возникает из-за того, что это не одни и те же полимеры, которые несут генетическую информацию ДНК и каталитические функции, необходимые для репликации белки. Эти два вида полимеров очень сложные и химически очень разные, поэтому трудно представить, как они могли появиться одновременно и независимо. Парадокс курицы и яйца возникает из этого, если возникает вопрос о том, какой белок или ДНК появились первыми во время возникновения жизни, какой мы ее знаем сегодня. Рибонуклеиновая кислота В современной биохимии рибонуклеиновая кислота РНК играет двойную роль посредника между носителем информации ДНК и каталитическими полипептидами: РНК-полимераза направляет полимеризацию цепи информационной РНК , следуя составу последовательности ДНК, затем рибосомы, направляет полимеризацию. Эта вторая трансляция основана на семействе транспортных РНК , которые обеспечивают аминокислоту, совместимую с последовательностью процессируемой информационной РНК. Перед образованием белков живые клетки содержат около двадцати семейств транспортной РНК , каждое из которых специфично для одной из аминокислот ; рибосомы обеспечивает декодирование РНК путем сборки аминокислоты в указанном порядке с помощью матричной РНК. РНК - это линейный полимер, состоящий из цепочки нуклеотидов.
В РНК обнаружены четыре нуклеиновых основания: аденин , гуанин , цитозин и урацил. РНК имеет много общего с ДНК с некоторыми важными отличиями: структурно РНК менее химически стабильна; функционально РНК чаще всего встречается в клетках в одноцепочечной, то есть одноцепочечной форме; наконец, молекулы РНК, присутствующие в клетках, короче, их размер колеблется от нескольких десятков до нескольких тысяч нуклеотидов. Большинство встречающихся в природе РНК присутствуют в клетке в одноцепочечной одноцепочечной форме. Подобно белкам , цепи РНК чаще всего сворачиваются сами по себе, образуя внутримолекулярную структуру, которая может быть очень стабильной и очень компактной. Описание внутренних пар между основаниями РНК называется вторичной структурой. В основе этой структуры лежит формирование внутренних пар между дополнительными основаниями: A с U , G с C и, иногда, G с U. В 1980-х Том Чех и Сидни Альтман независимо друг от друга обнаружили, что определенные РНК, позже названные рибозимами , могут действовать как катализаторы, подобно белкам. Это неожиданное открытие принесло Чеху и Альтману Нобелевскую премию по химии в 1989 году. В 1990 году Ларри Голд и Джек Шостак разработали метод управления эволюцией РНК, чтобы выбрать те, которые проявляют каталитическую активность.
С тех пор им удалось получить рибозимы, способные связывать нуклеотиды вместе, связывать аминокислоты с РНК, выполнять окислительно-восстановительные реакции , связываться с компонентами мембран и т. РНК также может вести себя как рибозим сокращение рибозы и фермента и катализировать определенные реакции, как и ферменты.
Гибридная РНК благодаря химической эволюции превратилась в чистую РНК, поскольку последняя точнее и быстрее воспроизводится, чем ее аналоги.
Со временем этот тип нуклеиновых кислот стал однородным. Некоторые из них были рибозимами — соединениями, обладающими ферментативной активностью и обеспечившими последующий катализ ДНК.
Однако было установлено, что рибозим, способный расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно благодаря нескольким консервативным элементам Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира. По данной гипотезе, первые репликаторы на Земле представляли собой РНК-молекулы, способные размножаться без участия белковых ферментов. Исследователи столкнулись с проблемой - как такая молекула могла появиться из предшественников, не обладающих каталитической активностью. Источник фото: Фото редакции Однако было установлено, что рибозим, способный расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно благодаря нескольким консервативным элементам.
То есть, для выключения metE достаточно связывания с рецепторами рибопереключателя либо одной из эффекторных молекул, либо сразу обеих. Сам механизм прерывания трансляции основан на образовании шпильки путём удаления шести нуклеотидов из рибопереключателя рис. Логику действий такого элемента NOR можно описать так: «Я подавляю транскрипцию, если в среде присутствует либо вещество А, либо вещество В, либо оба вещества сразу». Остаётся только удивляться, сколь красивы и элегантны решения Природы! Рисунок 1. Работа рибопереключателей. А — Рибопереключатели на транскриптах генов metE, metH и metK. Голубым обозначены шпилечные структуры, образуемые в результате вырезания шести или более уридиновых нуклеотидов. Видно, что у metE имеется два акцепторных и два шпилечных участка. В — Путь биосинтеза S-аденозилметионина. На первом этапе гомоцистеин преобразуется в амикислоту метионин. Это превращение может быть катализировано одним из двух ферментов: metE или metH. На втором этапе фермент metK превращает метионин в S-аденозилметионин. Между тем, РНК-переключатели способны связывать значительное число белковых кофакторов, таких как флавинмононуклеотид, тиаминпирофосфат, тетрагидрофолат, S-аденозилметионин, аденозилкобаламин [8]. Изначально считалось, что РНК-переключатели способны лишь подавлять экспрессию генов [8] , но позже были получены данные, свидетельствующие о том, что некоторые переключатели, напротив, ее усиливают. Сами по себе РНК-переключатели представляют весьма интересное явление, так как они демонстрируют возможность регуляции работы генов без прямого участия белков — иными словами, демонстрирует самодостаточность и универсальность РНК. Судя по всему, РНК-переключатели являются очень древним механизмом: так, они обнаружены во всех доменах живой природы: у бактерий, архей и эукариот [8]. Похоже, что, по меньшей мере, некоторые из современных кофакторов белков были прямиком заимствованы из мира РНК. Можно нарисовать примерно такую картину: рибозимы изначально использовали многие из современных кофаторов для своих целей, однако с появлением более эффективных белковых ферментов эти кофакторы были заимствованы последними. Рисунок 2. Вторичная структура РНК-переключателя гена metE. Выделены акцепторы — сайты связывания с молекулами SAM и AdoCbl, а также шпилечные терминирующие структуры. Геномные тэги и тРНК Рисунок 3. Вторичная структура тРНК. На рисунке отчётливо видна характерная для тРНК вторичная структура в виде «клеверного листа». В нижней части молекулы находится антикодоновая петля, ответственная за комплементарное связывание с кодоном мРНК. Согласно гипотезе геномного тэга, верхняя и нижняя половины тРНК эволюционировали по отдельности, причём верхняя половина древнее нижней. Всем хорошо известна важная роль тРНК в биосинтезе белка. Однако у тРНК и подобных ей молекул есть другая, менее известная, но не менее важная функция: в различных репликативных процессах они исполняют роль праймеров и шаблонов. Это могут быть процессы репликации одноцепочечной вирусной РНК, репликация митохондриальной ДНК у грибов, репликации теломер [10]. Обратимся к вирусной РНК. Тэг играет роль шаблона при инициации репликации вирусной РНК. Более того, эти участки бывают настолько похожи на «настоящие» тРНК [10] , что могут быть аминоацилированы то есть к ним может быть присоединена аминокислота при помощи фермента аминоацил-тРНК-синтетазы. Тем самым видно, что тРНК современных организмов способны также служить и праймерами. Возможно ли, что тРНК сегодняшних организмов произошли от древних геномных тэгов? Алан Вейнер и Нэнси Мэйцелс [10] отвечают на этот вопрос утвердительно. Согласно их теории, верхняя и нижняя половинки тРНК эволюционировали по-отдельности, причём верхняя часть тРНК появилась раньше нижней и является потомком геномных тэгов [10]. Происхождение рибосом При построении гипотезы мира РНК много внимания уделяется и происхождению рибосом, потому что их образование фактически можно приравнять к переходу от РНК-катализа к белковому процессу. Как известно, рибосома состоит из двух субъединиц: малой и большой. Ключевую роль в синтезе белковой цепи играет большая субъединица рибосомы, в то время как маленькая считывает мРНК. Модель происхождения одной из молекул большой субъединицы была предложена канадскими биохимиками Константином Боковым и Сергеем Штейнбергом [11]. Они сосредоточили внимание на 23s-рРНК состоящей из шести доменов, I—VI , так как именно в этой молекуле находится функциональный центр, ответственный за реакцию транспептидации присоединение новой аминокислоты к растущей полипептидной цепи.
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Однако возникал вопрос, как такие активные молекулы могли возникнуть из неактивных предшественников? Исследователи предложили возможный путь, по которому набор пребиотических олигомеров коротких полимерных цепочек , несущих информацию, мог приобрести ранние каталитические функции, такие как специфическое расщепление. Используя компьютерное моделирование на основе структуры фермента РНК, они показали, что даже спонтанное, неферментативное расщепление может способствовать размножению олигомеров за счет образования коротких фрагментов, выступающих в роли затравок для дальнейшего роста.
Ведь, в рамках гипотезы порядок развития события оказывался обратным, как казалось,естественному: протоклетка в виде парящей в воде капельки, впитывающей одни вещества и отторгающей другие, растущей благодаря этому и «размножающейся» делением, возникает раньше явления автокатализа и, соответственно, наследственности. В новой редакции концепция Опарина получила название «гипотезы мира полиароматических углеводородов».
Проверка а ранее не стяжавшая популярности гипотеза толком и не проверялась, не считая экспериментов самого автора внезапно показала, что этих ваших способных образовывать коацерватные капли полиароматических углеводородов в этом вашем космосе чуть больше, чем…много. Пятая часть углерода в составе туманностей входит в данные соединения. На молодой Земле они не могли представлять редкости. И в водном растворе вышеуказанные капли действительно обладают свойством накапливать нужные для синтеза РНК реагенты.
Предполагается, таким образом, что возникнув внутри капелек, автокаталитические молекулы прошли длительный путь развития, совершенствуясь, образуя «колонии», пополняя и облагораживая микроскопическую среду обитания продуктами реакций, катализ которых они учились осуществлять. И клетка появилась как результат постепенного замещения абиогенных цитоплазмы и мембраны биогенными уже аналогами. Гипотеза выглядит убедительной, перспективной, но и крайне сложной для экспериментальной проверки.
Отмечается, что в современных организмах правильная репликация происходит с помощью ферментов, которых, в свою очередь, не было до появление первых живых клеток. Таким образом, вещество диамидофосфат способствовало соединению рибонуклеозиды в длинные цепочки, совершая эти же действия по отношению к ДНК.
Модель происхождения одной из молекул большой субъединицы была предложена канадскими биохимиками Константином Боковым и Сергеем Штейнбергом [11]. Они сосредоточили внимание на 23s-рРНК состоящей из шести доменов, I—VI , так как именно в этой молекуле находится функциональный центр, ответственный за реакцию транспептидации присоединение новой аминокислоты к растущей полипептидной цепи. Данная молекула содержит около трёх тысяч нуклеотидов и способна образовывать сложные трёхмерные структуры. Важную роль в поддержании трёхмерной структуры молекулы играют так называемые А-минорные связи [11].
Они представляют собой связи между «стопками» нуклеотидов как правило, аденозинов [11] с участками, образующими двойные спирали. Связи формируются между спиралями и стопками, расположенными в разных областях молекулы. Соответственно, в молекуле должна присутствовать некая более простая структура, с которой и началась её эволюция. Особое внимание исследователей привлёк домен V [11]. Интересным в нём было то, что он содержит большое количество двойных спиралей при фактически полном отсутствии аденозиновых стопок. Вот что пишут по этому поводу авторы исследования: «Чтобы объяснить аномалию, имеющую место в домене V, мы предположили, что это отражает порядок, в котором различные части присоединялись к 23s-рРНК по мере её эволюции. В А-минорных мотивах конформационная стабильность аденозиновых стопок зависит от присутствия двойных спиралей, в то время как двойные спирали способны сохранять стабильную структуру сами по себе» [11]. Из этого следует, что домен V является наиболее древней частью молекулы: его спиральные участки, что придают стабильность всей молекуле, должны были появиться раньше других частей, содержащих аденозиновые стопки. Более того, именно в пятом домене находится функциональный центр, ответственный за формирование пептидной связи в процессе биосинтеза белка.
Выходит, что пятый домен является и функциональным центром молекулы, и её структурным остовом. Это говорит о том, что эволюция 23s-рРНК началась именно с него. Далее авторы попытались реконструировать эволюцию 23s-рРНК. Для этого они разбили молекулу на 60 относительно небольших участков и попытались «разобрать» её так, чтобы, убирая части поэтапно, не повредить структуру оставшейся молекулы. Опустив детали, укажем, что вывод был именно такой: эволюция этой молекулы началась именно с пептидил-трансферазного центра пятого домена, так как при разборке он оставался последним неповреждённым участком см. Исследователи считают, что именно эта структура и является древней «проторибосомой». Способна ли эта маленькая часть огромной молекулы выполнять свою работу самостоятельно? Исследования дают положительный ответ. В ходе экспериментов были получены искусственно выведенные рибозимы, способные осуществлять реакцию транспептидации [12].
Рисунок 4. Эволюция «проторибосомы». Слева — Вторичная структура 23s-рРНК. Красные кружочки изображают спиральные участки, жёлтые — аденозиновые «стопки». Голубые линии показывают А-минорные связи. Римские цифры обозначают домены молекулы. Отчётливо видно, что наибольшее количество спиральных участков находится в домене V. Справа — Для того чтобы выяснить процесс эволюции 23s-рРНК, авторы разбили молекулу на 60 структурных блоков. Далее они попытались «разобрать» молекулу так, чтобы при последовательном удалении этих блоков молекула продолжала работать [12].
Сначала они отделили 19 блоков, не повредив при этом оставшиеся. После удалось отделить ещё 11 блоков, а затем ещё последовательно 9, 5, 3, 3, 2, 2, 2. Затем ещё три блока оказалось возможным отделить по одному [12]. По всей видимости, именно пятый домен послужил «стартовой точкой» в эволюции 23s-рРНК. Позже к нему начали добавляться различные блоки, улучшающие работы молекулы. Изначально к проторибосоме присоединилось восемь блоков, образовавших «основание», что повлекло за собой увеличение стабильности всей молекулы. Затем добавились следующие 12 блоков, которые образовали структуры, позволяющие соединяться большой и малой субъединицам друг с другом. Последними добавились блоки, образующие т. Функция этих выростов в том, чтобы помочь рибосоме выбрать нужную аминоацил-тРНК, а также «выпустить на волю» ту тРНК, которая уже отдала свою аминокислоту растущей белковой молекуле.
Вспомним рибосомы, которые, по всей видимости, являются реликтами очень давней эпохи, ведь структурно и функционально рибосомы крайне схожи и у человека, и у дождевого червя, и у кишечной палочки. Главный переносчик энергии в клетке — молекула аденозинтрифосфата — представляет собой не что иное, как аденозин с двумя дополнительными фосфатами.
Ученые обнаружили новые доказательства теории РНК-мира
Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Новости Российского национального комитета мирового нефтяного совета. Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии. Ранее считалось, что на Земле способная к размножению жизнь возникла на основе РНК-молекул (так называемая, гипотеза РНК-мира). Сторонники гипотезы «мира РНК» указывают на две проблемы в этой теории. рибозимов - в 1982-1983. Суть гипотезы РНК-мира заключается в том, что первые формы жизни на Земле могли состоять из РНК-молекул, способных к самовоспроизведению без помощи белковых ферментов.
Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии
Структура вируса PSTV. РНК и наследственность РНК играет роль в передаче активности генов: такой механизм называемый эпигенетикой не связан с ДНК и может служить доказательством способности РНК участвовать в « наследственности». В результате использование ДНК в качестве опоры для генетической информации позволило уменьшить количество ошибок при дублировании генов и, следовательно, увеличить их длину и, следовательно, сложность связанного с ними метаболизма. Однако не способность разрешать сложный метаболизм может составлять селективное преимущество для этого перехода, поскольку начальный переход требует установления метаболических путей, связанных с ДНК, что изначально влечет за собой затраты, которые не сразу компенсируются преимуществом, заключающимся в том, что может обеспечить более сложный метаболизм. Некоторые ученые например, вирусолог Патрик Фортерр из Института генетики и микробиологии в Орсе полагают, что именно вирусы являются «изобретателями» ДНК. Фактически известно, что некоторые современные вирусы изменяют свою ДНК, чтобы сделать ее устойчивой к нуклеазным ферментам своего хозяина путем метилирования, гидроксиметилирования и т.
Можно представить, что форма маскировки для РНК-вируса заключалась в том, чтобы просто деоксигенировать рибозу, создавая предковую ДНК, образованную урацилом. На втором этапе эти вирусы заменили бы группу урацила на группу тимина, следуя тому же синтезу, что и для современной ДНК. При таком сценарии первоначально РНК-вирусы приобрели бы систему двойной трансляции: первую систему для восстановления РНК до ДНК типа рибонуклеотидредуктазы и систему обратной транскрипции. Передача микробам Также кажется, что существует небольшая гомология между ферментами, необходимыми для репликации, репарации и рекомбинации ДНК у эубактерий , архей и эукариот : их общий предок, следовательно, не имел определенного количества этих ферментов ненужных при отсутствии генома ДНК. Эти белки затем появились бы независимо в каждой основной линии возможно, в некоторых случаях из вирусных генов.
Большое филогенетическое распространение Несмотря на большое структурное и функциональное разнообразие, распределение РНК позволяет заново открыть деление живых существ. Таким образом, небольшие ядрышковые РНК являются общими только у архей и эукариот, теломеразная РНК присутствует только у эукариот, в то время как прокариоты являются единственными, кто обладает тмРНК. Эффективность белка «Четвертичная» структура белка. Эти белки являются очень эффективными катализаторами, а не рибозимов. Точно так же в живом мире 20 аминокислот , но только четыре нуклеотида, поэтому белки намного разнообразнее РНК.
Поэтому с эволюционной точки зрения маловероятно, чтобы белок-фермент был заменен ферментом РНК. И наоборот, если РНК появились задолго до появления белков, вполне вероятно, что они были заменены более эффективными белками. Этот аргумент подтверждается тем фактом, что РНК играет роль в синтезе белка благодаря своей фундаментальной роли в современных рибосомах. Следовательно, РНК каким-то образом привела бы к появлению белков. Следовательно, белки, используемые в структуре рибосомы, должны были появиться позже: первые белки были бы выбраны в соответствии с их способностью улучшать функционирование рибозимов, чтобы в конечном итоге их заменить.
Но ДНК не может собираться сама собой, для этого ей обязательно нужны белки. А чтобы синтезировать белки, нужна ДНК. Образуется замкнутый круг, который навел ученых на мысль, что первые организмы хранили генетическую информацию не в виде ДНК, а в виде РНК.
Фото Археологическая группа из University of Colorado Boulder обнаружила верхнюю часть огромной статуи фа... Да, в самое ближайшее время - 44.
Исследователи столкнулись с проблемой - как такая молекула могла появиться из предшественников, не обладающих каталитической активностью. Источник фото: Фото редакции Однако было установлено, что рибозим, способный расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно благодаря нескольким консервативным элементам.
Чтобы понять, как эта функция сохранилась в процессе эволюции, исследователи разработали модель, имитирующую случайные разрывы в простых молекулах РНК. В результате образовывались короткие цепочки, которые действовали как затравки для синтеза более длинных молекул.
Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков
Сегодня Зоя Андреева рассматривает гипотезу РНК-мира, необязательно верную, но способную свергнуть центральную догму. Ученые Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира. Понятно, что существенный аргумент гипотезы РНК-мира состоит в том, что эта гипотеза создает "простой" переходный мостик между абиогенной органикой и клетками. Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. Альтернативная гипотеза называется гипотезой первичного майонеза и говорит о том, что липиды, то есть вещества, образующие мембраны, были с самого начала и окружали молекулы РНК.
Как в мир РНК пришли белки
В основном потому, что гипотеза мира РНК подкрепляется большим числом экспериментальных свидетельств, чем набрали её конкуренты. Открытия, показывающие способность молекул РНК самовоспроизводиться, а также выполнять ферментативные функции, привели к возникновению гипотезы мира РНК. Последние новости дня на этот час. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК.
Эффективный полимеразный рибозим подкрепил гипотезу мира РНК
Это открытие представляет важный шаг в понимании того, как жизнь могла зародиться из примитивных химических систем на ранних этапах существования Земли и как она эволюционировала к более сложным формам, включающим каталитическую активность. Комментарии закрыты.
Поэтому они обратились не только к вычислениям, но и к генетике. В основе их теории лежат 20 «нагрузочных» молекул, аминоацил-тРНК-синтетазы. Эти каталитические ферменты позволяют РНК связываться с определёнными аминокислотами в соответствии с правилами генетического кода. Предыдущие исследования показали, что 20 ферментов можно поровну разделить на две группы по 10 штук на основе их структуры и последовательностей. Два этих класса ферментов обладают определёнными последовательностями, кодирующими взаимоисключающие аминокислоты — то есть, эти ферменты должны были появиться из дополняющих цепочек одного древнего гена. Картер, Уиллс и их коллеги обнаружили, что в таком случае РНК кодировала пептиды при помощи набора всего из двух правил или, иначе говоря, использовала два типа аминокислот. Получившиеся пептиды поддерживали те же самые правила, что управляют процессом передачи, благодаря чему возникает ключевая для этой теории петля обратной связи.
РНК-пептидный мир Жизнь могла появиться из взаимодействия РНК и пептидов, работавших в качестве первого генетического кода. Самоподдерживающаяся петля реакций создавала бы ферменты, выбирая всего из двух типов аминокислот вместо 20 типов, имеющихся в современных белках. В недавних работах Картер и Уиллс показывают, что их мир пептидов-РНК решает проблемы с пробелами в истории происхождения жизни, которые неспособна объяснить только одна РНК. Конечно, модель Картера-Уиллса начинается с генетического кода, существование которого предполагает сложные химические реакции, куда входят такие молекулы, как транспортная РНК и нагрузочные ферменты. Исследователи утверждают, что в предшествовавших предложенному ими сценарию событиях участвовало взаимодействие РНК и пептидов. Однако это предположение оставляет много открытых вопросов о том, как началась такая химия и как она выглядела. Для ответов на эти вопросы существует множество теорий, выходящих далеко за рамки мира РНК. Некоторые учёные даже применяют подход, противоположный подходу Картера и Уиллса: они считают что самые ранние этапы развития жизни не обязательно должны напоминать ту химию, которая существует сегодня.
Структуры РНК, действующие подобно ферментам, назвали рибозимами по аналогии с энзимами, белками-катализаторами.
Вскоре было обнаружено множество разнообразных рибозимов. Особенно широко их используют для манипулирования своими РНК вирусы и другие простые инфекционные агенты. Таким образом, РНК оказались мастерами на все руки: они могут выступать в роли носителей наследственной информации, могут служить катализаторами, транспортными средствами для аминокислот, образовывать высокоспецифичные комплексы с белками. Окончательная уверенность в том, что «мир РНК» действительно существовал, наступила после выявления деталей строения кристаллов рибосом методом рентгеноструктурного анализа. Ученые рассчитывали обнаружить там белок, катализирующий сшивание аминокислот в белковую последовательность. Каково же было их удивление, когда выяснилось, что в каталитическом центре рибосом белковых структур нет совсем, что он полностью построен из РНК! Оказалось, что все ключевые стадии биосинтеза белка осуществляются молекулами РНК. Точка в дискуссии о возможности существования «мира РНК» как особой стадии биологической эволюции была поставлена. Конечно, полную картину еще предстоит реконструировать — осталось много нерешенных вопросов.
Например, в современной клетке активацию аминокислот и их присоединение к соответствующим тРНК осуществляют специфичные белки-ферменты. Возникают вопросы: могла ли эта реакция осуществляться без участия белков, только с помощью РНК? В общем-то, после открытия рибозимов такие потенциальные способности РНК уже не вызывали особых сомнений. Но наука требует, чтобы гипотезы экспериментально подтверждались. Дарвиновская Эволюция в Пробирке Хороший метод зачастую позволяет осуществить революцию в науке. Именно так можно сказать о методе полимеразной цепной реакции ПЦР , который позволяет размножать нуклеиновые кислоты в неограниченных количествах. Кратко опишем суть метода. Затем, при охлаждении, с ними связываются праймеры, образуя короткие фрагменты спиральных структур. В результате реакции из одной двуцепочечной ДНК получается две.
Если повторить процесс, получится четыре цепочки, а после n повторений — 2nмолекул ДНК. Все очень просто. Изобретение ПЦР и разработка методов химического синтеза ДНК позволили создать потрясающую технологию молекулярной селекции. Принцип молекулярной селекции тоже прост: сначала синтезируется множество молекул, обладающих разными свойствами так называемая молекулярная библиотека , а затем из этой смеси отбираются молекулы с желаемым свойством. Библиотеки нуклеиновых кислот — это смеси молекул, имеющих одинаковую длину, но отличающихся последовательностью нуклеотидов. Поскольку обычно используются участки длиной 30—60 мономеров, то в результате синтеза получается от 430 до 460 разных молекул! Цифры, привычные разве что для астрономов. В результате получается библиотека уже одноцепочечных РНК. РНК, способную связывать определенные молекулы.
С последних же можно считывать искомые РНК-аптамеры, а затем — размножать их методом ПЦР в неограниченных количествах. Конечно, так происходит в идеальном случае, на практике все получается сложнее. Обычно исходный препарат РНК содержит огромный избыток «по-сторонних» молекул, избавиться от которого трудно. С помощью такого метода были получены тысячи разных РНК-аптамеров, которые образуют специфические комплексы с различными органическими соединениями и молекулами. Рассмотренная схема молекулярной селекции может быть применена для получения молекул с любыми свойствами. Делайте Ваш Заказ! Метод молекулярной селекции обладает очень большими возможностями.
Как сообщает портал Planet Today , согласно этой гипотезе, первые формы жизни состояли из молекул РНК, способных к самовоспроизведению без участия белковых ферментов. Однако возникал вопрос, как такие активные молекулы могли возникнуть из неактивных предшественников? Исследователи предложили возможный путь, по которому набор пребиотических олигомеров коротких полимерных цепочек , несущих информацию, мог приобрести ранние каталитические функции, такие как специфическое расщепление.
Тайна появления жизни на Земле
Согласно гипотезе мира РНК, на заре жизни за Земле молекулы РНК были как носителями наследственной информации, так и ферментами (рибозимами). Одной из главных теорий является гипотеза "РНК-мира", согласно которой первые формы жизни возникли благодаря РНК-репликазе, способной копировать себя и другие молекулы РНК. рибозимов - в 1982-1983.